Byōdō-in powstał w 1052 r., kiedy to sprawujący funkcję kampaku, czyli kanclerza, Yorimichi Fujiwara postanowił przekształcić w świątynię jedną w wilii, należących do jego potężnego ojca Michinaga Fujiwara. W okresie tym, kiedy funkcja cesarza była symboliczna, a wpływ na rządy miała
arystokracja, rodziny arystokratyczne wiodły w swoich okazałych posiadłościach szczególnie luksusowy styl życia. Ich wille były starannie projektowane, bogato dekorowane i wypełnione dziełami sztuki.
W 1053 r. Fujiwara wybudował Ho-ō-do, czyli Pawilon Feniksa, w którym umieszczono 3-metrowej wysokości posąg Amidy Nyorai, pochodzący z XI w. i będący dziełem rzeźbiarza Jocho.
Ho-ō-do, który był kiedyś centralnym budynkiem w zespole Byōdō-in, jest obecnie jedynym oryginalnym obiektem, który przetrwał do naszych czasów. Zawiera on wiele szczególnie cennych dzieł sztuki, takich jak wspomniany posąg, a także najstarsze z zachowanych malowidła na drzwiach drewnianych, dzwon świątynny oraz usytuowane na dachu sali centralnej Chudo, rzeźby dwóch feniksów. W sali Chudo, oprócz posągu głównego, zawieszone były także 52 posągi Bodhisattwy, wykonane z drzewa cyprysowego. Obecnie połowa z nich znajduje się w położonym obok muzeum.
W Byōdō-in przetrwał także najpiękniejszy z ogrodów, reprezentujący sztukę ogrodową
buddyjskiej sekty Jodo. Ogród ten uważany jest za miejsce o szczególnych walorach krajobrazowych. W ogrodzie znajduje się strumień Ajiike, który otacza Pawilon Feniksa, dzięki czemu Ho-ō-do sprawia wrażenie, jakby unosił się na wodzie. Do pawilonu prowadzą dwa mosty ogrodowe – Soribashi (most łukowy) oraz Hirabashi (płaska kładka). Ogród został zaprojektowany z uwzględnieniem techniki shakkei, polegającej na „zapożyczaniu krajobrazu”. Dzięki temu uwzględnione zostało tło krajobrazowe rzeki Uji, oraz znajdujące się za rzeką wzgórza, których zarysy stanowią do dzisiaj tło ogrodu.W ogrodzie znajduje się szczególne miejsce – Ogi no shiba (wachlarzowy trawnik), który w istocie jest trójkątnym kawałkiem ziemi, na którym Yorimasa Minamoto, bohater „Opowieści o klanie Heike”, popełnił seppuku, czyli rytualne samobójstwo.
Całe otoczenie Byōdō-in uosabia doskonałość Gokurakujodo, czyli „raju buddyjskiej sekty Jodo” – do osiągnięcia której dążyła arystokracja z okresu Heian.
Muzeum Hoshokan, eksponujące dzieła sztuki z Byōdō-in, zostało otwarte w 2001r. Budynek zaprojektowany przez architekta Akira Kuryū, jest pawilonem o prostej i wysmakowanej formie, w którym harmonijnie połączono metal, kamień i szkło.